die Bausteine von ALLEGRO (A4988) haben eine interne Abschaltung bei Überhitzung. Ich habe das selber zwar noch nie erlebt, dass sich die Bausteine ausgeschaltet haben und weiß auch nicht wann die sich dann wieder einschalten. Aber ja, die Bausteine können überhitzen. In deinem Gehäuse würde ich entweder für genügend Luftzirkulation sorgen, oder dafür, dass die Bausteine ihre Hitze direkt an das Gehäuse (wenn es aus Metall ist) abgeben können.
den Arduino hin und her zu fahren ist ja mal eine clevere Idee. Dadurch brauchst Du viel weniger Kabel zu den Motoren, und die Anzahl der "bewegten" Kabel reduziert sich auch auf das USB-Kabel und die Versorgungsspannung.
Lass uns doch alle an Deiner Entwicklung teilhaben und poste mal die 3D-Dateien! Könnte mir vorstellen, dass der Eine oder Andere das Gehäuse gerne nachdrucken würde.